Την έντονη αντίδραση της Μουσουλμανικής Ένωσης Ελλάδας, προκάλεσαν τα όσα, μέσω της ιστοσελίδας του, έγραψε ο μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ, για το Ισλάμ, με αφορμή την τραγωδία σε κοπτική Εκκλησία, στην Αίγυπτο. Συγκεκριμένα ο κ. Σεραφείμ, αναφέρει ότι «ο Μουσουλμανισμός αποτελεί καταστροφική λατρεία μη συμβατή με τας προβλέψεις του ισχύοντος εν Ελλάδι Συντάγματος, όπου εν άρθρω 13 καθιερούται η ελευθερία θρησκευτικής συνειδήσεως αλλά σε θρησκευτικές παραδοχές, που δεν αντίκεινται στη δημόσια τάξη και τα χρηστά ήθη….».
Σε άλλο σημείο ο μητροπολίτης αναφέρει ότι «ο νόμος που εψηφίσθη δια την δημιουργία ισλαμικού τεμένους τυγχάνει οπωσδήποτε αντισυνταγματικός….» και καλεί την κυβέρνηση να αποσύρει το σχετικό νόμο διότι όπως σημειώνει: «Θα είναι υπεύθυνη παρόμοιων εγκληματικών ενεργειών στην χώρα μας των φονταμενταλιστών Ισλαμιστών».
Η Μουσουλμανική Ένωση Ελλάδας με ανακοίνωσή της αναρωτιέται: «Τι σκοπό έχει ο μητροπολίτης με αυτό το ανακοινωθέν; Άραγε αποσκοπεί στο να κινητοποιήσει ακραίες ομάδες, προκειμένου να στοχοποιήσουν τους Μουσουλμάνους της επικράτειας;»
Επίσης ερωτά αν η θέση του μητροπολίτη εκφράζει την επίσημη Εκκλησία και το ποίμνιο του Πειραιά. Ακόμη τονίζει ότι «η συνοχή της κοινωνίας εξαρτάται από όλους εμάς. Πρέπει να την προστατεύσουμε από κινήσεις που δυναμιτίζουν τα θεμέλια της. Εμείς οι Μουσουλμάνοι είμαστε πάντοτε ανοιχτοί σε διαθρησκειακό διάλογο αν το επιθυμεί η Εκκλησία, προκειμένου να είναι διάφανο και ξεκάθαρο σε όλους τι πρεσβεύει αυτή η μεγάλη πίστη του Ισλάμ, που έχει ως πιστούς το 1/3 του πλανήτη».