Ήταν 6 Δεκεμβρίου 1940 όταν το Α’ Σώμα του Ελληνικού Στρατού καταλαμβάνει τους Αγίους Σαράντα στη Βόρεια Ήπειρο κατά τον Ελληνο-ιταλικό πόλεμο. Ο ελληνικός στρατός τότε καταλαμβάνει και το Δέλβινο. Η κατάληψη αυτού του στρατηγικού λιμανιού επιτάχυνε περισσότερο την Ελληνική διείσδυση προς το βορρά.
Είχε προηγηθεί η κατάληψη από τις Ιταλικές δυνάμεις το 1939 και ήταν στρατηγικό λιμάνι κατά την Ιταλική εισβολή στην Ελλάδα. Στο διάστημα αυτής της κατοχής ονομάστηκε μάλιστα «Porto Edda» προς τιμή της μεγαλύτερης κόρης του Μπενίτο Μουσολίνι.
Μετά τη Γερμανική εισβολή στην Ελλάδα τον Απρίλιο του 1941, η πόλη επέστρεψε στον έλεγχο των Ιταλών ενώ στις 9 Οκτωβρίου 1944 η πόλη καταλήφθηκε από ομάδα Βρετανών καταδρομέων υπό τον Ταξίαρχο Τομ Τσόρτσιλ και ντόπιων παρτιζάνων του Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου (ΕΑΜ) υπό τον Ισλάμ Ραντοβίτσκα.
Η εμπλοκή των Βρετανικών στρατευμάτων θεωρήθηκε προβληματική από το ΕΑΜ, που θεωρούσε ότι οι Βρετανοί θα χρησιμοποιούσαν την πόλη ως βάση τους και θα εγκαθιστούσαν στην περιοχή τους συμμάχους τους από την Ελλάδα. Υπάρχουν μάλιστα βρετανικά έγγραφα τα οποία δείχνουν ότι δυνάμεις του ΕΔΕΣ συμμετείχαν επίσης στην επιχείρηση. Πάντως τα Βρετανικά στρατεύματα αποχώρησαν γρήγορα από την περιοχή, αφήνοντάς τη στις Αλβανικές κομμουνιστικές δυνάμεις.
Σημειώνεται ότι οι Άγιοι Σαράντα συμπεριλήφθηκαν στο νεοϊδρυθέν Αλβανικό κράτος, σύμφωνα με το Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας (1913). Η πόλη αξίζει να τονίσουμε ότι η είχε καταληφθεί δύο φορές από την Ελλάδα πριν το 1940, το 1913 και από το 1914 ως το 1916. Τη δεύτερη φορά η κατάληψη έγινε από Έλληνες αντάρτες από την Αυτόνομη Δημοκρατία της Βορείου Ηπείρου. Το 1914 ξεκίνησαν στους Αγίους Σαράντα διαπραγματεύσεις μεταξύ εκπροσώπων της προσωρινής κυβέρνησης της Βορείου Ηπείρου και εκείνης της Αλβανίας, που συνεχίστηκαν στη γειτονική Κέρκυρα και τερματίστηκαν με την αναγνώριση την αυτονομία της Βορείου Ηπείρου μέσα στο νεοϊδρυθέν Αλβανικό κράτος.
Καταλήφθηκε στη συνέχεια από την Ιταλία μεταξύ 1916 και 1920, ως τμήμα του Ιταλικού Προτεκτοράτου της νότιας Αλβανίας.
