Στρατιωτικός καριέρας, γεννήθηκε στο Χαμάμ Σους και φοίτησε στην Ειδική Στρατιωτική Σχολή του Σεν-Σιρ, στη Γαλλία και την Ανωτάτη Σχολή Πληροφοριών και Ασφάλειας των ΗΠΑ. Πολύ γρήγορα απέκτησε το βαθμό του στρατηγού και το 1984 διορίστηκε αρχικά υφυπουργός Εθνικής Ασφάλειας και κατόπιν υπουργός Εσωτερικών. Τρία χρόνια αργότερα αναλαμβάνει την πρωθυπουργία, μέχρι την ανατροπή του Χαμπίμπ Μπουργκίμπα.
Στις 7 Νοεμβρίου 1987 διαδέχτηκε τον ασθενή Χαμπίμπ Μπουργκίμπα, τον «πατέρα της ανεξαρτησίας» της χώρας. Όλοι οι Τυνήσιοι, συμπεριλαμβανομένων και των ισλαμιστών, χαιρέτισαν την αλλαγή που έγινε «χωρίς βία και αίμα» αν και ορισμένοι δεν δίστασαν να την χαρακτηρίσουν «ιατρικό πραξικόπημα».
Οι υποστηρικτές του τον θεωρούσαν «σωτήρα» της χώρας, αναγνωρίζοντάς του ότι έθεσε τις βάσεις για τη φιλελευθεροποίηση της οικονομίας και την καταστολή του ισλαμιστικού κόμματος Ενάχντα. Αμέσως μόλις ανέλαβε την εξουσία ο Μπεν Άλι κατήργησε την ισόβια προεδρία που είχε καθιερώσει ο Μπουργκίμπα και περιόρισε το χρονικό διάστημα του προέδρου της χώρας σε μόνο τρεις θητείες. Ακολούθησε τη λεγόμενη κοινωνική πολιτική «αλληλεγγύης», δημιουργώντας ένα ειδικό ταμείο για τους φτωχούς και αναπτύσσοντας ένα σύστημα κοινωνικής ασφάλισης και ευνοϊκών πολιτικών για τις γυναίκες.
Ταυτόχρονα όμως, το καθεστώς του σκλήρυνε, καταστέλλοντας κάθε αντιπολίτευση απ’ όπου και αν προερχόταν, είτε από την Αριστερά είτε από τους ισλαμιστές, που συλλαμβάνονταν κατά χιλιάδες τη δεκαετία του 1990. Επέβαλε επίσης περιορισμούς στον Τύπο και στα συνδικάτα, που καταγγέλλονταν από τους πολιτικούς αντιπάλους του, οι οποίοι, στην πλειονότητά τους, ζούσαν εξόριστοι.
Δηλώνοντας υπέρμαχος του εκδημοκρατισμού «χωρίς βιασύνες», το 1994 εισήγαγε τον πλουραλισμό σε «μικρές δόσεις» και πέντε χρόνια αργότερα οργάνωσε τις πρώτες πολυκομματικές εκλογές στην ιστορία της Τυνησίας, τις οποίες κερδίζει με ποσοστό 99,4%. Το 2002 ωστόσο οργανώνει δημοψήφισμα τροποποιώντας το σύνταγμα ώστε να διεκδικήσει και πάλι την προεδρία μετά τη λήξη της τρίτης θητείας του. Στις εκλογές του 2004 επανεκλέγεται με ποσοστό 94,48%.
Ο 74χρονος Μπεν Άλι εξελέγη για πέμπτη συνεχόμενη φορά στην προεδρία της Τυνησίας το 2009, με ποσοστό που άγγιζε το 90% των ψήφων, μολονότι οι εκλογές αυτές δέχτηκαν σφοδρή κριτική από την αντιπολίτευση. Η διεθνής κοινότητα τον θεωρούσε αποτελεσματικό «ανάχωμα» απέναντι στους ισλαμιστές, παρά τις (συχνά ήπιες) επικρίσεις που δεχόταν για τη βραδύτητα με την οποία προχωρούσε ο εκδημοκρατισμός της χώρας και τις παραβιάσεις των ανθρωπίνων δικαιωμάτων.
Οι οργανώσεις για την προάσπιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων κατήγγειλαν το καθεστώς του ως «αυταρχικό», ιδίως μετά την καταστολή από το στρατό, το 2008, των ταραχών που ξέσπασαν με αφορμή την υψηλή ανεργία και το νεποτισμό στη χώρα. Δεν ολοκλήρωσε την τελευταία του θητεία. Στα μέσα Δεκεμβρίου ένας άνεργος πτυχιούχος πανεπιστημίου αυτοπυρπολήθηκε όταν η αστυνομία του απαγόρευσε να πουλάει φρούτα στο δρόμο χωρίς άδεια. Ο θάνατος του νεαρού πυροδότησε μια σειρά κινητοποιήσεων και διαδηλώσεων που επεκτάθηκαν μέχρι και την πρωτεύουσα Τύνιδα και οδήγησαν τελικά στην πτώση του.
