Ο Ζαν Κλωντ Γιούνκερ απέκτησε ειδικό σύμβουλο για την ευρωπαϊκή πολιτική άμυνας και ασφάλειας. Διόρισε σ΄ αυτή τη θέση τον Μισέλ Μπαρνιέ, ο οποίος ήταν επίτροπος την περίοδο 1999-2004.
Το 2001 ήταν πρόεδρος της Ομάδας Εργασίας για την ευρωπαϊκή άμυνα ως μέλος του Προεδρείου της Συνέλευσης για το Μέλλον της Ευρώπης. Διετέλεσε Υπουργός Εξωτερικών της γαλλικής κυβέρνησης (2004-2005).
Ο πρόεδρος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, δήλωσε: «Όταν η παρούσα Επιτροπή ανέλαβε τα καθήκοντά της, είπαμε ότι πρέπει να εργαστούμε για μια ισχυρότερη Ευρώπη, στα θέματα ασφάλειας και άμυνας Ναι, η Ευρώπη είναι κυρίως μια« ήπια δύναμη »,αλλά πρέπει να βελτιώσει τις αμυντικές ικανότητες της . Ο Michel Barnier έχει μεγάλη εμπειρία στον τομέα της άμυνας και της ασφάλειας και είναι ο κατάλληλος άνθρωπος για να με συμβουλεύει”.
